旱育苗强调的是喷水和浇水。秧苗生长需要水、肥、气、热等诸多因素相互协调。可以水调温、以水调气、以水调肥。所以秧田管理的中心是管好水。

扎根现青期，根据有氧长根，无氧长芽的规律，应创造秧田土壤具有较好的通风气条件，使秧苗迅速扎根立苗。所以芽期秧田应坚持在底水浇足浇透的情况下，一般不补水。干旱、苗床发白时可浇水，浇透即可，保持苗床的通透性。在出苗到3叶期根系的生长需要供给更多的氧气，此时已处于秧苗异养向自养阶段过渡，极不耐低温缺氧等不良环境。这时期秧苗扎根未稳，自养能力不强，土壤中致病菌也会乘虚而入，所以这一时期仍以促进秧苗根系为主，保持床面湿润通气。3叶期以后，秧苗可以完全自养，根系比较发达，通气组织已发育完善，要酌情适当补水，以增加土壤空气，培育发达的根系。

水稻育苗“干长根，湿长芽”。种子萌发时，根与芽生长是两种不同的生长方式。芽的生长主要是胚芽鞘细胞伸长，它没有新细胞的形成，只要有充足的水分，有氧无氧都可以进行，而且在无氧条件下比有氧条件下伸长更快。而胚根的生长，虽然也有细胞的伸长，但主要靠细胞分裂方式进行。细胞分裂需要大量的蛋白质等有机物质供应，这些物质转化和参与合成新器官，又需要提供一定能量。没有充足的氧气供应，呼吸作用受到限制，细胞分裂不能进行，根也就无法生长，所以有氧长根，无氧长芽，干长根，湿长芽的说法是有道理的。

在生产上，秧苗前期管理要处理好秧苗扎根与立针的关系。在秧田管理中芽期必须坚持湿润，不要大水漫灌。

 秧田管理中的“三忌”是：一忌肥量过大。过多施用有机肥和化肥，会使土壤盐份浓度过高，种子水分倒渗，影响出苗。即使出苗，也会造成秧苗细弱，容易青枯死苗。二忌大水淹灌。旱育秧田以保持良好墒情的旱田状态为最适，经常淹水或淹水与干旱反复交替，旱生根系不能形成，甚至发生根腐死苗现象。有些旱育秧田所以失败，往往就是因为灌水次数过多、淹水时间过长造成的。三忌高温催长。旱育秧田苗床膜内为无水层调节，升温快，降温也快。秧苗2叶期以后，晴天膜内温度随日出急剧上升，最高可达40-50℃，如果通风降温不及时，就会造成高温危害。表现为秧苗细弱徒长，青枯死苗，损失难以弥补。因此，必须加强膜内温度管理，及时通风炼苗，严防高温催长。