稻瘟病菌是一个种，在种的内部存在着生理性状不同的类群，即生理分化现象，表现为对不同品种的致病力不同，这些不同的类群即为生理小种。

不同小种对不同水稻品种具有不同的致病力。小种类型和区系分布是影响品种在不同地区产生抗性差异的重要原因。当某一地区存在着对某一品种致病性强的小种时，经过病菌增殖，如气候条件适宜，就会导致该品种稻瘟病的发生。

抗病品种种植几年后，由于稻瘟病菌的变异，产生新的对该品种有致病力的生理小种，或原有对其有致病力的生理小种数量上升，成为优势小种，就会造成该品种的严重发病，使其抗性丧失。因此，生产上要防止大面积种植单一品种，做到品种合理布局，并不断更新抗病品种。

利用水稻品种多样性混栽控制稻瘟病技术规程如下：

品种选配根据水稻品种抗性遗传背景、农艺性状、经济性状、当地栽培条件及农户种植习惯等进行品种选配。品种间抗性遗传背景的选配技术参数为相似性小于75％ 以下； 农艺性状选配原则是矮秆品种和高秆品种搭配，品种组合成熟期基本一致，前后不超过10天左右；经济性状的选配原则是高产品种和优质品种的搭配，满足农民对高产和优质的需求，充分体现经济效益互补的原则。

栽培管理水稻品种多样性优化种植的方式是在传统栽培的基础上，每隔 4-6行高产抗病的秧苗中间多增加1 行传统优质稻。不同的品种可同时移栽，也可在主栽品种移栽后1-3天，补栽间栽品种。田间肥水管理按常规高产措施进行，认真做好病虫监测，叶瘟不使用农药，穗瘟必要时用三环唑防治1次。