苦瓜是消暑清热类蔬菜，堪称消暑泻火第一蔬。但苦瓜性味苦寒，食用时须注意。

苦瓜中含有草酸，不宜与含钙丰富的牛奶、豆腐、深海鱼类等同食，否则容易形成草酸钙，不能被人体吸收，或容易形成结石。苦瓜切好后，在沸水中略为浸泡，可以除去部分草酸，还可减轻苦味。不爱吃苦味食物者可以采用此法。

脾胃虚寒者，食之令人吐泻腹痛，故脾胃虚寒或体质虚弱者应少食或忌食。儿童的肠胃功能较弱，也不宜多食，以免损伤脾胃。

苦瓜还含有一种叫多肽的胰岛素的物质，具有降糖作用，患有低血糖的人不宜长期大量食用苦瓜。

苦瓜含有奎宁，奎宁具有刺激子宫收缩，引起流产的副作用，孕妇应慎食，在妊娠早期应禁食。妇女月经期、产褥期也不宜多食。

此外，苦瓜因味苦，食用时不宜过量，过量食用会损伤脾胃，引起恶心、呕吐等。